L’EPAP è sottoposto a diversi livelli di vigilanza sulla base di una attribuzione normativa (Decreto Legislativo n. 103/96).

I livelli principali di vigilanza e controllo sono:

• Il Collegio dei Sindaci: è il primo livello di controllo sulla corretta gestione, sia amministrativa che di governance, dell’EPAP. E’ composto da due dirigenti ministeriali uno nominato dal Ministero del Lavoro e delle Politiche Sociali, che assume la carica di Presidente dell’Organo, l’altro nominato dal Ministero dell’Economia e delle Finanze, infine un terzo è scelto tra gli iscritti all’Ente con esclusione dei componenti del Consiglio di Indirizzo Generale, del Consiglio di Amministrazione e dei Comitati dei Delegati. Il Collegio dei Sindaci è nominato con deliberazione del Consiglio di Indirizzo Generale. I Sindaci intervengono alle sedute del Consiglio di Indirizzo Generale e a quelle del Consiglio di Amministrazione e svolgono le rispettive funzioni ai sensi degli articoli 2403 e seguenti del Codice Civile in quanto applicabili;
• La Società di Revisione, che riceve incarico triennale dal Consiglio di indirizzo generale per la revisione contabile e la relazione di certificazione sui bilanci consuntivi;
• La vigilanza ministeriale: Statuto, Regolamenti e la maggior parte dei provvedimenti di governance (forme di assistenza, contribuzione, sanzioni e interessi di mora, etc.) dopo essere approvati da uno o entrambi gli Organi statutari, devono essere sottoposti all’analisi dei Ministeri vigilanti, ‘Lavoro’ e ‘Economia e Finanze’, che esprimono le proprie osservazioni sulle decisioni adottate, che quindi vengono attuate solo dopo la pronuncia ministeriale favorevole;
• La Corte dei Conti che nell’ambito delle sue funzioni di vigilanza sulle amministrazioni dello Stato, raccoglie periodicamente una relazione sull’attività economica, patrimoniale e amministrativa degli enti di previdenza;
• La COVIP-Commissione di Vigilanza per gli Enti Previdenziali che è l’autorità amministrativa indipendente che vigila sugli enti previdenziali e fondi pensione. Della COVIP è ad esempio la delibera del 16 Marzo 2012 che fissa il metodo con cui gli enti devono gestire il patrimonio finanziario. Il sito della COVIP contiene un’ampia reportistica delle attività svolte, ed è il riferimento in ambito previdenziale;
• La Commissione Parlamentare di controllo sull’attività degli enti gestori di forme obbligatorie di previdenza e assistenza sociale: è una commissione bicamerale composta da membri della Camera e del Senato, che vigila per conto del Parlamento sull’attività di tutti gli enti di previdenza e assistenza, tra cui gli enti di previdenza dei liberi professionisti, attraverso audizioni periodiche dei vertici.